Début 2000, des étudiants de l’Association participent au Sommet du Québec et de la jeunesse. Puis à la demande de l’assemblée générale, l’instauration d’un site internet portant sur l’association sera mis en ligne pour l’an prochain.
En 2001, les démêlés avec la FECQ sont encore présents. En effet, la Fédération menace de poursuivre l’association pour ne pas avoir encore une fois payé sa cotisation annuelle. On parle alors de l’Association pour une Solidarité Syndicale Étudiante (ASSÉ) pour remplacer l’affiliation avec la FECQ.
D’autre part, on appelle les étudiants à un boycottage de la cafétéria. L’association étudiante de Jonquière et celle de Notre-Dame-de-Foy tiennent simultanément des bureaux de plaintes sur la qualité des cafétérias.
En 2002, les étudiants adoptent une nouvelle charte pour l’AGEECJ et demande de maintenir l’affiliation avec la FECQ pour une période d’évaluation. La relation entre l’association et la Fédération a grandement évolué avec le changement des exécutifs. D’ailleurs, la dette engendrée auprès de la FECQ est réglée. Plus tard dans l’année, le projet de centre social ressort des oubliettes, mais ne connaît pas de développement majeur. Parallèlement, le collège met sur pied un comité de relocalisation des locaux étudiants. Ce dossier est grandement suivi à la loupe, car plusieurs locaux étudiants risquent de disparaître.
Le mandat de 2002-2003 est vraiment un retour en force pour l’association. Le président, François Harvey, et son exécutif prennent à cœur les projets internes et se font voir sur la scène locale auprès des organismes et syndicats. Niveau national, le travail est concentré contre la Zone de Libre-Échange des Amériques (ZLÉA). Des collaborations sont faites pour mobiliser les étudiants à la manifestation du 31 octobre. En 2003, la mobilisation politique continue. Le projet de guerre en Irak ne fait pas l’unanimité pour les étudiants. L’Association fait front commun avec le Collectif Bleuet pour la Paix lors d’actions locales.
Sur la scène locale, l’AGEECJ s’oppose au projet d’une fusion entre le collège de Jonquière et celui de Chicoutimi. L’association travaille également avec la Société de Transport de Saguenay (STS) pour obtenir un service de transport adéquat et un rabais étudiant.
L’AGEECJ durant les deux dernières années a réussi à développer sa culture institutionnelle. L’embauche d’attachés à l’exécutif et d’une permanente aide grandement à son développement. D’ailleurs, l’association est plus présente à l’interne et encore plus à l’externe. Ces différents points contribuent directement à l’image de l’association.
En 2004, lors de l’assemblée générale du mois de janvier, on redemande de tenir le fameux référendum d’affiliation à la FECQ. L’ancien président, François Laroche, reprend son poste dans l’exécutif et il est mandaté pour conclure le contrat référendaire avec la Fédération. La FECQ refuse de signer le contrat, elle trouve que le temps est mal choisi et propose de reporter le référendum à la prochaine session.
D’un autre côté, on travaille sur le dossier de la Fondation Jean-François et Patricia. Une fondation qui reste obscure dans ses fonctionnements et prises de décisions. À plusieurs reprises on essaie d’alerter les différents acteurs du collège sur le fait que des gens non-étudiants siègent de façon permanente dans l’organisme, qu’elle possède près d’un million en banque et que l’information sur celle-ci n’est pas accessible aux étudiants. Des avis juridiques et un projet d’intégrer la fondation à l’association sont pris en considération sans avoir de réels avancements.
Sur un autre plan, le gouvernement libéral annonce une réforme de l’aide financière aux études, un transfert de 103 millions en bourse vers des prêts. Cette coupure est effective à partir de l’automne 2004. Il n’en faut pas plus pour que les associations étudiantes se lancent dans une large campagne d’information et de mobilisation. Deux journées de grève sont réalisées par l’association étudiante du cégep de Jonquière en vue de la manifestation du 10 novembre. Ce sont plus de 84 étudiants de Jonquière qui participent à la manifestation à Montréal qui réunit au total 15 000 militants de partout au Québec.
À la session d’automne 2004, le dossier de l’affiliation à la FECQ est réglé. Un référendum a lieu, sans contrat entre la Fédération et l’Association, et 76% des étudiants qui ont voté (10%) étaient en faveur du maintien de l’affiliation.
En 2005, le gouvernement Charest attaque le réseau collégial dans sa « réingénierie de l’État ». D’une part, le gouvernement Charest veut une centralisation du réseau collégial et d’autre part désire couper 103 millions dans les bourses aux études.
L’AGEECJ ainsi que plusieurs autres associations étudiantes du Québec débutent des campagnes de mobilisation monstre. Le 14 février à Jonquière, pour protester contre les coupures, des étudiants bloquent l’accès au bureau de circonscription de la député libérale, Françoise Gauthier, avec des balles de foins. La police procède alors à six arrestations lors de cette action CAESL. Les divers regroupements nationaux, CASSÉÉ (Coalition des Associations pour une Solidarité Syndicale Étudiante Élargie), la FECQ et la FEUQ lancent l’appel à une grève générale illimité (GGI). L’AGEECJ tient le 8 et 9 mars un vote sur le sujet. Les étudiants du Cégep de Jonquière sont en faveur de la grève générale, le référendum sur la grève gagne par 6 voix. Officiellement, c’est en date du 11 mars que débute la grève au collège. Ensuite, le mandat de grève est renouvelé tous les trois jours. Différentes actions sont tenues durant la grève. Une des plus importantes fut l’encerclement du resto-bar les 400 coups où Thomas Mulcair venait donner une conférence. La grève est reconduite jusqu’au 30 mars.
Lors de la manifestation du 16 mars, 100 000 personnes descendent dans les rues de Montréal pour réclamer au gouvernement les 103 millions. Ce fut la plus grande manifestation de l’histoire du mouvement étudiant au Québec.
Le gouvernement ne peut plus négliger le mouvement de masse et doit faire vite pour ne pas aggraver la situation. Plusieurs offres sont proposées aux étudiants, mais ne sont pas acceptées. Les étudiants ne retourneront pas en classe sans la réapparition des 103 millions. Après cinq semaines de grève, le gouvernement fait une offre qui sera rapportée par la FECQ aux associations étudiantes. La proposition est un remboursement de 70 millions la première année dans le plafond des prêts et 103 millions l’année suivante. La Fondation canadienne des Bourses du Millénaire allonge 40 millions dans ce cadre financier. De plus, l’issue finale amenée par le gouvernement inclut 100 millions provenant du Programme canadien de Prêts aux Étudiants, un programme fédéral qui vise à offrir des prêts aux étudiants pour les études postsecondaires.
C’est le 4 avril que se termine la grève pour les étudiants de Jonquière. En effet, les membres de l’AGEECJ acceptent l’offre du ministre de l’Éducation par une majorité de 57 %. En prenant cette décision, ils décident le retour en classe en date du 5 avril. La perturbation des cours par 17 jours de grève reporte la fin de la session au début de juin. La facture totale s’élève à 14 000 dollars pour les opérations de l’AGEECJ pour les deux semaines de grève.
Pour l’AGEECJ, la fin de 2005 annonce un nouvel exécutif et aussi le départ de François Laroche à titre de Secrétaire-Trésorier de la FECQ. Il transmet le flambeau au nouvel exécutif composé d’une ancienne journaliste de l’Alternative (journal étudiant), Priscilla Plamondon-Lalancette.
En 2006, après la mise en ligne du site web de l’association étudiante, l’énergie est mise en vue de dénoncer la qualité des services et les coûts faramineux de la cafétéria. C’est le sur le nom du comité DÉCAF (Dénonciation Étudiante de la CAFétéria) que le projet prend son envol. Le comité a entre autres comme objectif de mettre en place un café étudiant. En effet, le collège a une entente d’exclusivité avec une multinationale et celle-ci empêche les étudiants de créer un café. L’exécutif fait une large campagne à propos des revendications de DÉCAF et tiendra une cantine clandestine en guise de moyen de pression.
Sur un autre angle, la démission du président amène Priscilla à prendre la tête de l’AGEECJ. Dès son élection, on voit une tendance sur les dossiers plus sociopolitiques. Plusieurs conférences ont lieu dans le collège avec différents acteurs politiques du Québec et même du Canada, tels qu’André Boisclair du Parti Québécois.
À la fin de l’année, l’AGEECJ est hôte de son premier congrès FECQ au mois de mars. Les liens avec la fédération y sont alors consolidés pour de bon. Finalement, Priscilla Plamondon-Lalancette quitte l’association pour devenir Coordonatrice aux relations et communications de la FECQ.
En 2007, sous la présidence de Jérôme Claveau, l’AGEECJ continue le combat contre la cafétéria du collège. On passe à la phase suivante du comité de dénonciation de la cafétéria, portant le nom de DÉCAF II. La multinationale s’engage à avoir des rencontres avec l’AGEECJ par rapport à la création du café étudiant. Ce n’est pas ces engagements qui feront en sorte que l’association étudiante ne continuera pas ses moyens de pression. En effet, le concept de cantine clandestine est toujours présent et offre encore le café et les rôties gratuits aux étudiants. C’est l’ancêtre du Café chez Ginette. Il est regrettable de constater que le mandat de 2007 s’accomplit sans aucun conseil d’administration pour l’association étudiante. La mobilisation étudiante depuis la grève est très faible.
Le projet de fusion entre les collèges de Jonquière et de Chicoutimi refait surface. Il est certain que les deux associations démontrent leur mécontentement. Heureusement, le dossier de la fusion tombe encore une fois à l’eau.
L’année s’achève par la rentrée en poste du nouveau président, Xavier Lefebvre Boucher. Son équipe et lui se prépare pour une mobilisation contre une hausse des frais de scolarité. En annonçant un dégel des frais de scolarité, le gouvernement de Jean Charest déclare la guerre aux étudiants. Les étudiants de partout au Québec se consultent pour établir une stratégie contre le dégel. L’AGEECJ mène cette lutte au sein de la Coalition des forces étudiantes nationales (CFEN). Cette coalition, nommée par l’AGEECJ, est composée de la FECQ et de la FEUQ. Des actions comme la pirata libéral et refaire le portrait de Jean Charest ont beaucoup de succès sur le campus du Cégep de Jonquière. À son sommet, la manifestation du mois de novembre regroupe environ 4000 étudiants dans les rues de Montréal. Plus de 120 étudiants de Jonquière se déplacent pour l’événement. Cette campagne échoue malheureusement pour les étudiants de Jonquière. Le mouvement étudiant est divisé et les frais de scolarité augmente de 500$.
À l’interne, le journal étudiant revient sous le nom de L’Obtus et un comité KINO est créé. Ensuite, l’AGEECJ, lors de son assemblée générale annuelle, modifie son logo et reçoit le mandat d’offrir un guichet automatique aux étudiants. Le président, Xavier Lefebvre-Boucher, quitte l’AGEECJ pour devenir président de la FECQ.